在现实与电子空间的边界线越来越稀薄的近未来东京，【EDEN账号】既是访问电子空间的凭证，也作为自己的身份证明。 某一天，主人公的EDEN账号被入侵，在自己毫不察觉的情况下被诬陷成了账号狩猎。想洗刷清白也没有证据，没有住所的主人公，为了证明自己是被冤枉的，得到数码兽，只身进入黑客们的休息厅。然而却被黑客们困住陷入危机，幸被正在进行账号狩猎调查的电子空间的麻烦克星（Trouble Buster）【Hudie】的首领御岛龙司所救。 主人公驱使数码兽的能力被御岛龙司看中，担心他单独调查账号狩猎很危险，于是招他入队。就这样主人公一边作为「Hudie」的成员解决电子空间的麻烦事，一边不断调查陷害自己的黑客的真面目。